국세청은 여러 사업장을 운영하는 사업자의 세무 부담을 줄이기 위해 두 가지 제도를 운영 중이다. ‘주사업장 총괄납부 제도’와 ‘사업자단위과세 제도’가 그것이다.
주사업장 총괄납부는 각 사업장별로 부가가치세 신고는 개별적으로 하되, 납부와 환급만 주된 사업장에서 통합해 정산하는 방식이다. 예를 들어 A사업장에서 100만원의 납부세액이, B사업장에서 50만원의 환급세액이 발생하면 최종적으로 50만원만 납부하면 된다. 이 제도를 이용하면 환급을 별도로 기다릴 필요가 없어 자금 운용 부담이 줄어든다. 다만 세금계산서 발행과 신고 자체는 여전히 사업장별로 진행해야 한다.
사업자단위과세는 모든 사업장을 하나의 사업장으로 간주해 부가가치세를 통합 신고·납부하는 제도다. 이 경우 각 지점의 사업자등록번호는 말소되고 주된 사업장의 번호만 남아, 본점과 지점 간 세금계산서 발급이 필요 없고 신고도 한 번에 끝난다. 단, 지점별 실적 구분 관리가 어려워지고 지방소득세는 각 사업장 소재지 자치단체에 별도 신고해야 한다.
신청 기한은 두 제도 모두 유사하다. 신규 사업자는 사업자등록증 교부일로부터 20일 이내, 기존 사업자는 적용을 원하는 과세기간 시작일 20일 전까지 신청해야 한다. 새 사업장을 개설한 경우에는 사업 개시일부터 20일 이내에 신청해야 하며, 기한을 넘기면 적용이 다음 과세기간으로 넘어간다. 사업자단위과세는 홈택스가 아닌 관할 세무서 방문 접수만 가능하다.
제도 선택 시 자금조달, 세액공제 및 감면 적용 여부, 기업신용관리 등 여러 요소를 함께 고려해야 한다. 선택에 따라 절세와 자금 운용뿐 아니라 외부 평가에도 차이가 발생할 수 있기 때문이다.
